Президент РФ возглавляет Совет Безопасности, который является конституционным органом, осуществляющим подготовку решений Президента РФ по вопросам проведения единой государственной политики в области обеспечения безопасности. Этот совещательный орган призван проводить работу по упреждающему выявлению и оценке угроз национальной безопасности, оперативно готовить для Президента проекты решений по их предотвращению, координирует деятельность сил и органов обеспечения национальной безопасности, контролирует реализацию решений в этой области органами исполнительной власти Федерации и субъектов РФ. Совет Безопасности формируется Президентом РФ в соответствии с Конституцией РФ и Законом РФ "О безопасности" (в редакции от 24 декабря 1993 г.). В развитие этого Закона Указом Президента РФ (в редакции от 15 ноября 1999 г.) утверждено Положение о Совете Безопасности Российской Федерации.
Основными задачами Совета Безопасности, в частности, являются:
В соответствии с этими задачами строятся функции Совета Безопасности, которые весьма широки.
В состав Совета Безопасности входят : Председатель (Президент РФ), Секретарь, постоянные члены и члены Совета Безопасности, которые назначаются Президентом РФ по представлению Секретаря Совета Безопасности. Среди постоянных членов: Председатель Правительства РФ, Секретарь Совета Безопасности, директор ФСБ, министры обороны и иностранных дел. Членами Совета являются Руководитель Администрации, председатели палат Федерального Собрания, полномочные представители в федеральных округах, директор Службы внешней разведки, Генеральный прокурор, Генеральный директор ФАПСИ, министры МЧС, юстиции и МВД, директор Федеральной пограничной службы, Президент Российской академии наук.
Работой Совета Безопасности руководит Председатель Совета Безопасности. Заседания Совета проводятся на регулярной основе, по планам, утверждаемым Председателем. При необходимости проводятся внеочередные заседания. Повестку дня и порядок рассмотрения вопросов на заседаниях Совета определяет Председатель Совета по представлению Секретаря. Секретарь Совета Безопасности проводит рабочие совещания с членами Совета.
Присутствие на заседаниях Совета Безопасности постоянных членов и членов Совета Безопасности обязательно. Делегирование постоянным членом и членом Совета своих полномочий в Совете Безопасности иным должностным лицам не допускается.
Решения Совета Безопасности принимаются на его заседании постоянными членами Совета простым большинством голосов от их общего числа и вступают в силу только после Утверждения Председателем Совета Безопасности, т. е. Президентом РФ. Решения Совета по важнейшим вопросам оформляются указами Президента РФ, иные решения — протоколами. Проекты указов Президента РФ, выносимые на заседания Совета Безопасности, предварительно рассматриваются на заседаниях членов Совета, проводимых под руководством Секретаря Совета.
Секретарь Совета Безопасности обладает широкими полномочиями. Он является должностным лицом Российской Федерации, подчиненным непосредственно Президенту РФ, назначается на должность и освобождается от должности Президентом РФ.
Совет Безопасности в соответствии с основными задачами и направлениями его деятельности образует межведомственные комиссии, которые являются рабочими органами Совета Безопасности. В зависимости от возлагаемых на них задач они могут создаваться по функциональному или региональному признаку на постоянной или временной основе. При Совете Безопасности образован научный совет.
В период 1996—1998 гг. в Российской Федерации существовал Совет по обороне, который затем был слит с Советом Безопасности.
При Президенте создано несколько комиссий и советов (по вопросам предоставления правительственной и специальной связи, по вопросам помилования, по правам человека, гражданства и др.).